Genomika luštěnin

Genomika je multioborová věda, která zahrnuje zejména molekulární biologii, genetiku, bioinformatiku a biochemii. Genomika pracuje s velkými daty, s genomy, s jejich sekvencemi, které porovnává na základě přirozeně se vyskytujících genetických variant. Těmi jsou například mutace. Jediná mutace může znamenat začátek nového živočišného druhu, vážnou nemoc, získání rezistence k antibiotiku, vyšší odolnost vůči suchu nebo větší výnosy. Za každou takovou mutací se skrývá změna v biochemickém procesu, kterou je třeba nejprve poznat.

Na katedře biochemie se věnujeme aplikované genomice luštěnin. Luštěniny jsou strategické plodiny, klíčové pro zajištění dostatečného množství nutrice v podobě bílkovin. Rostlinné bílkoviny mají oproti masu poloviční vodní stopu a více než poloviční množství emisí skleníkových plynů. Jako modelovou rostlinu pro ostatní luštěniny používáme na katedře biochemie sóju.

Sekce Genomiky luštěnin se v rámci mezinárodní spolupráce podílí na vývoji bioinformatických nástrojů k analýze asociace fenotypu na genom (GWAS). Sója je celosvětově významnou komoditou, po níž rok co rok poptávka stoupá. Díky tomu sója poskytuje dostatečné množství dat pro aplikaci v ostatních luštěninách, které za sójou výrazně pokulhávají. Díky bioinformatickým nástrojům vytvořeným ve spolupráci s Universitou v Missouri se podařilo vyvinout metodu, kterou se podařilo úspěšně identifikovat celou řadu agronomicky významných znaků. Mezi ty patří například proteiny zodpovědné za otevírání lusků a disperzi semen. Tato vlastnost se ukázala být klíčovou k identifikaci nevhodných variet sóji pěstovaných v Ghaně, ale i třeba u některých elitních kultivarů pěstovaných v USA. K eliminaci takto nevhodných variet byl použit námi vyvinutý specifický molekulární marker. Mezi další zkoumané znaky patří ty, které jsou podmíněné rozdílnou koncentrací rostlinných pigmentů, mastných kyselin nebo aminokyselin. Vizí sekce Genomiky luštěnin je rozšíření znalostí a jejich transfer na ostatní luštěniny.

V rámci sekce Genomiky luštěnin jsou každoročně vypisována témata, během jejichž řešení si studenti osvojí zejména základní bioinformatické úkony (fylogenetická analýza, analýza haplotypů, GWAS, atd.) a celou řadu molekulárních metod (klonování, transgenoze, sekvencování, tramsktiptomika). Sekce Genomiky luštěnin úzce spolupracuje s mezinárodními týmy z Ameriky (Missouri, Severní Dakota).

Nastavení cookies a ochrany soukromí

Na našich webových stránkách používáme soubory cookies a případné další síťové identifikátory, které mohou obsahovat osobní údaje (např. jak procházíte naše stránky). My a někteří poskytovatelé námi využívaných služeb, máme k těmto údajům ve Vašem zařízení přístup nebo je ukládáme. Tyto údaje nám pomáhají provozovat a zlepšovat naše služby. Pro některé účely zpracování takto získaných údajů je vyžadován Váš souhlas. Svůj souhlas můžete kdykoliv změnit nebo odvolat (odkaz najdete v patě stránek).

(Technické cookies nezbytné pro fungování stránek. Neobsahují žádné identifikační údaje.)
(Slouží ke statistickým účelům - měření a analýze návštěvnosti. Sbírají pouze anonymní data.)
(Jsou určeny pro propagační účely, měření úspěšnosti propagačních kampaní apod.)