Počítačové simulace enzymových reakcí

Obor: Chemie

Typ: počítačový

Supervizor: prof. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D.

archivovaný projekt (projekt byl dořešen a uzavřen)

Motto: "Nechť počítač se stane tvým průvodcem ve světě biomakromolekul!" Určitě jste již slyšeli o biomakromolekulách, zejména nukleových kyselinách, které zajišťují přenos genetické informace z rodičů na potomky, a proteinech, které fungují jako stavební kameny buněk a jako buněčné chemické továrny a elektrárny. V rámci projektu můžete aplikovat teoretické výpočty termodynamických parametrů chemických reakcí metodami kvantové chemie. Projekt pak může být zaměřen dvěma směry. Jednak na studium enzymů halogenalkan dehalogenas, které jsou využívány např. v konstruování biosenzorů monitorujících znečištění halogenovanými uhlovodíky, a následně na návrh jejich mutantů se snahou zvýšit jejich aktivitu. Druhý směr se zaobírá teoretickým studiem inhibitorů lidských enzymů cyklin-dependentních kinas, které jsou součástí signálních drah v buňkách zodpovědných za regulaci jejich dělení. Účinné inhibitory těchto enzymů pak mohou být využívány jako léčiva proti rakovinovému bujení a také např. při terapii Alzheimerovy choroby.