Katedra botaniky je garantem učitelského bakalářského a navazujícího studia Biologie, navazujícího studia Botaniky a Fytopatologie (Mgr.) a doktorského (Ph.D.) studia Botaniky. Dále katedra botaniky zajišťuje výuku v rámci bakalářského odborného studia oborů Biologie a ekologie, Molekulární biologie, Biochemie, Biofyziky, Ekologie a ochrana životního prostředí, a v učitelských kombinacích s biologií výuku širokého spektra botanických a obecně biologických předmětů.

Katedra je organizačně členěna do pěti pracovních skupin: oddělení biosystematiky a ekologie rostlin, odd. tkáňových kultur a rostlinných biotechnologií, odd. fytopatologie a mikrobiologie, laboratoř molekulárních markerů a algologická laboratoř.

Pracoviště disponují rozsáhlým experimentálním zázemím (specializované laboratoře, klimatizované komory, kultivační místnosti, skleníky, GMO laboratoř). Katedra spravuje Národní sbírku UPOC (fytopatogenní houby, řasy a sinice) a herbář (OL). Součástí katedry je také unikátní kolekce tropických rostlin (včetně rostlin masožravých).

Vědecká činnost katedry je zaměřena na různé oblasti teoretické i aplikované botaniky. Zaměstnanci a studenti katedry se zabývají především studiem evoluce, ekologie, fyziologie a taxonomie rostlin a hub, a také studiem diverzity rostlinných společenstev.

Katedra má rozsáhlé domácí i mezinárodní kontakty a spolupráci s více než 30 univerzitami a vědeckými institucemi na celém světě. Pracovníci katedry rovněž poskytují konzultační služby veřejnosti a firmám v oblasti botaniky, biologie a genetiky rostlin, zemědělství a zahradnictví.