1) Příprava buněčného lyzátu (Saccharomyces cerevisiae, Escherichia coli, Yarrowia lipolytica), spektrofotometrická kvantifikace proteinů, solubilizace proteinů
2) Rehydratace IPG stripů, 1. rozměr dvojrozměrné elektroforézy (isoelektrická fokusace)
3) Ekvilibrování IPG stripů, 2. rozměr dvojrozměrné elektroforézy (SDS-PAGE), barvení proteinů v gelu koloidní Coomassie modří
4) Skenování gelu, analýza obrazu (software ImageMaster)
5) Vyřezání skvrn, proces redukce a alkylace vzorku, proteolytické štěpení vzorku v gelu a roztoku
6) Odsolování peptidových vzorků, peptidové mapování na hmotnostním spektrometru MALDI-TOF, počítačová predikce štěpení proteinů (program Protein Cutter, program PeptideMass)
7) Separace peptidových a glykopeptidových vzorků pomocí mikrogradientového zařízení na kapilární koloně s obrácenou fází, zpracování spekter pomocí software mMass
8) Měření tandemových hmotnostních spekter peptidů a glykopeptidů na přístroji MALDI-TOF/TOF
9) LC-MALDI analýza komplexního proteinového vzorku
10) Měření MALDI-TOF proteinových profilů intaktních mikroorganismů, použití programu Biospean
11) Kvantifikace proteinového vzorku s použitím isotopového značení 18O