BIOINFORMATIKA

Garant: Mgr. Dana Šafářová, Ph.D.

Typ: A-L-2/0/1

Typ ukončení: Zápočet, kolokvium

Kredity: 4

Sylabus přednášek:

Úvod do bioinformatiky. Informační zdroje, biologické databáze (primární, sekundární, specializované DB). Sekvencování a základní používané strategie. Párové sekvenční srovnávání, prohledávání databází. Mnohočetné porovnávání sekvencí. Globální a lokální porovnávání. Skórovací matrice. Dynamický, heuristický a statistický přístup (PSSM, HMM). Predikce genů, strategie ab initio, vyhledávání homologie a jejich kombinace. Analýza RNA. Analýza a predikce struktury proteinů. Molekulární fylogenetika, konstrukce fylogenetických stromů. Analýza genomů.

Sylabus cvičení:

Praktické aplikace: databáze(GenBank/NCBI, DDBJ, EBI, ENTREZ), vyhledávání homologie (BLAST, FASTA, T-COFFEE), párové porovnávání, mnohočetné porovnávání,fylogenetická analýza (CLUSTAL, PAUP). Specializovaný software.

Podmínky splnění kolokvia:

1. účast na seminářích
2. vypracované praktické úlohy z jednotlivých seminářů
3. test

Doporučená literatura:

Cvrčková F. (2006): Úvod do praktické bioinformatiky. Academia.

Studijní materiály:

• Uvod databaze.pdf
• Sekvence formáty.pdf​​​​​​​