GENOMIKA

Garant: Ing. Hana Šimková, Ph.D.

Typ: A-Z-2/0/0

Typ ukončení: Zkouška

Kredity: 4

 

Sylabus přednášek:

Předmět studia genomiky. Obsah genomových projektů. Sekvenování genomů prokaryot. Sekvenování genomů eukaryot - Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana, Triticum aestivum, Homo sapiens. Databáze sekvencí DNA. Genetické mapování. Mapovací populace. Molekulární markery, jejich typy a příprava. Strategie mapování. Genetické mapy, jejich konstrukce. Knihovny DNA, jejich typy a konstrukce. Fyzické mapování. Metody používané při fyzickém mapování, "fingerprinting". Integrace fyzických a genetických map. Poziční klonování genů, "chromosome walking". Strategie sekvenování DNA ("shotgun", "clone-by-clone", redukční strategie). Anotace sekvencí DNA. Funkční anotace a zařazování genů do rodin. Polymorfismus DNA. SNPs ("single nucleotide polymorphisms") a jejich využití pro "genotyping". Komparativní genomika. Genová exprese a transkriptom. Knihovny cDNA, ESTs ("expressed sequence tags"), DNA arrays a DNA čipy, jejich příprava a využití. Určování funkce genů. Metody funkční genomiky - saturační přímá genetika, vysoko-kapacitní reverzní genetika.

 

Doporučená literatura:

Gibson, G., Muse, V.S. A Primer of Genome Science. Sinauer Associates, Inc., Sunderland, 2004.

Rashidi, H.H., Buehler, L.K. Bioinformatics Basics. CRC Press, Boca Raton, 2000..
Computational Molecular Biology, An Introduction. John Wiley & Sons, Inc., New York, 2000. (Clote, P., Backofen, R.)

Hunt, S. P., Livesey, F. Functional Genomics: A Practical Approach. Oxford University Press, Oxford, 2000.
Birren a kol. Genome analysis - Mapping Genomes. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1997.
Cantor, C.R., Smith, C.L. Genomics: The Science and Technology Behind the Human Genome Project, John Wiley and Sons, New York, 1999.
Brdička, R. Lidský genom na rozhraní tisíciletí. Grada Publishing, Praha, 2001.
Cullis, C.A. Plant Genomics and Proteomics. John Wiley and Sons, Inc., New York, 2004.
Primrose, S.B. Principles of Genome Analysis: A guide to mapping and sequencing DNA from different organisms. Blackwell Science Inc., 1998.
Meksem, K., Kahl, G. The Handbook of Plant Genome Mapping. Wiley-VCH Verlag, Weinheim, 2005.

 

Studijní materiály: